Город был основан у подножия самых удаленных на запад отрогов Главного Кавказского хребта. На небольшом плато, ограниченном с запада глубокой, расширяющейся к морю впадиной балки (большого оврага), а с востока – обрывом устья реки Анапки.
Археологические раскопки в районе современного морвокзала свидетельствуют о том, что первоначально местом поселения эллинов стал мысообразный выступ берега на восточном склоне оврага. Водоток по дну оврага в те времена мог обеспечивать жителей поселения VI‒V вв. до н.э. питьевой водой. Обрывистый берег моря и склон оврага использованы жителями, как естественные природные укрепления, способные защитить от возможных нападений как с суши, так и с моря. Данные археологии позволяют предположить, что раннее поселение со стороны суши защищал ров и вал, по периметру которых позже была возведена крепостная стена. Более высокий, но в то же время более пологий западный склон оврага террасообразно спускался вниз. Одна из террас, выдаваясь в море в виде невысокого каменистого мыса, образовывала небольшой залив, который, вероятно, использовался греками, как бухта.
Интенсивная волно-прибойная деятельность на побережье, несомненно, приводила к значительным изменениям контуров береговой линии, особенно на участке балки, сложенном из осадочных пород.Судя по данным исследователей, на протяжении ХХ века прибоем был уничтожен участок городской застройки. Не исключено, что на этом этапе, застройка поселения имела своеобразную радиально-кольцевую структуру.
Некрополь архаичного поселения располагался восточнее оборонительных сооружений. О заселении расположенного к западу от оврага плато данные отсутствуют: археологических раскопок здесь пока не проводилось, отдельные находки керамики VI-V вв. до н.э. могут свидетельствовать о хозяйственном освоении этой территории.
К востоку от раннегреческого поселения тянулся изрезанный оврагами левый берег реки Анапки. Есть основания предполагать, что в период возникновения здесь раннегреческого поселения, благодаря влажности климата и увеличению водотока впадающих в Черное море рек, его уровень был выше. В таком случае устьевая часть реки Анапки могла представлять собой обширный мелководный залив, пригодный для навигации кораблей каботажного назначения с неглубокой осадкой. С другой стороны, залив являлся серьезным естественным рубежом, оберегавшим этот регион от внезапных вторжений степных кочевников.
Возможно, именно он и получил засвидетельствованное античными авторами для периода VI‒V вв. до н.э. название Синдская Гавань, ставшее наименованием одного из основанных здесь раннегреческих поселений.
В устьевой части одного из впадавших в залив водотоков, известного сегодня как Криничная балка, в середине VI в. до н.э. возникло еще одно греческое поселение, получившее название Алексеевского. Какое-то время Анапское и Алексеевское поселения сосуществовали, затем благодаря более удобному расположению поселение на месте Анапы стало административным центром, а Алексеевское вошло в состав его хоры.
Судя по данным археологических исследований, в классическое и эллинистическое время (IV‒II вв. до н.э.) город, получивший название Горгиппия, значительно расширился. В восточном направлении он достигает обрывистого берега реки Анапки, поглотив ранний некрополь. В западном и южном, по всей видимости, город разрастается за счет сельскохозяйственной периферии ‒ ближней хоры. Археологические исследования показывают, что застройка города в это время соответствует правилам гипподамовой планировки.
Городской некрополь эллинистической Горгиппии, в котором наряду с грунтовыми появляются элитные захоронения в каменных склепах под курганными насыпями, располагается к югу и востоку от городища, вдоль основных транспортных магистралей, ведущих из города в сельскохозяйственные владения горгиппийцев на юге и востоке. Данные об обособленности грунтовой и курганных частей некрополя отсутствуют.
Хора Горгиппии в этот период включает в себя обширную территорию, отличающуюся особым плодородием земель – Синдику (ныне Анапская равнина). Об этом свидетельствует наличие здесь целой сети эллинистических усадеб земельных владений жителей Горгиппии на правом берегу Анапки, вдоль морского побережья у современного п. Джемете. Залив на территории современных плавней мог быть серьезным препятствием для их связи с городом, так как коммуникации в этом случае могли осуществляться через переправу, предположительно находившуюся в районе Усатовой балки.
Климатические колебания и мощное антропогенное воздействие (сведение лесных массивов в предгорьях) приводили к изменениям гидрологического режима залива во времени. В частности, в засушливый период ‒ III-I вв. до н.э. ‒ могло произойти обмеление устья реки Анапки, что, с одной стороны, позволило установить связь с правобережьем, с другой, открыло доступ к Горгиппии кочевникам. Это привело к смене системы землепользования в ее округе: на смену неукрепленным усадьбам в позднеэллинистический период приходят укрепленные усадьбы с постройками башенного типа, некоторые из которых в неспокойный период конца I в. до н.э. – начала I в. н.э. становятся опорными пунктами обороны Боспорского царства на его восточных рубежах.
Город римского времени, согласно строительной надписи Савромата I (КБН 1122), был «преумножен по сравнению с границами предков» и обнесен новой крепостной стеной. Приток населения мог быть связан с переселением жителей обширной горгиппийской хоры. Согласно материалам археологических наблюдений, город расширился на запад по направлению к Малой бухте.
Границы некрополя практически не изменились. Традиционно курганные погребения горгиппийской знати располагались вблизи городских стен. Об этом свидетельствуют комплексы склепов и богатых скальных гробниц II-III вв. н.э. в 1975-1978 гг. в Анапе.