Некрополь – «город мертвых» – был неотъемлемой частью греческого городского центра ‒ полиса. Как правило, некрополь располагался сразу за крепостными стенами и концентрировался вдоль выходящих из города дорог. Стремительное расширение границ города приводило к разрушению, как правило, наиболее древних участков некрополя.
Ныне погребения жителей античной Горгиппии скрыты кварталами современной Анапы. Наблюдения за топографией некрополя в траншеях и больших котлованах показывают, что погребения образуют скопления, разделенные пустыми участками, над некоторыми скоплениями могил прослежены следы невысоких земляных насыпей.
Традиционно некрополь отражал особенности социальной структуры города живых. Родовые участки некрополя обозначались невысокой насыпью и, возможно, отделялись от остальных участков невысокими оградками или канавками. Погребения представителей административной и родовой элиты Горгиппии подчеркивали их высокий статус: их хоронили в каменных склепах, отчасти напоминающие храмовые сооружения, сопровождали богатым инвентарем. На русских военных картах конца XVIII – начала XIX вв. видно, что курганы подступали непосредственно к границам древнего города.
Некрополь раннегреческого поселения VI-V вв. до н.э. (Синдской Гавани) открыт к востоку и юго-востоку от него – на территории археологического заповедника «Горгиппия» и по 
ул. Кубанской. Погребения совершались в грунтовых ямах, встречено несколько могил с каменными конструкциями, оставленных представителями местного населения (синдами). Открыто погребение ребенка в амфоре и кремация в расписном краснофигурном кратере. 
Погребальный инвентарь представлен простой красноглиняной и расписной чернофигурной и краснофигурной посудой, стеклянными полихромными амфорисками, бусами, пряслицами. Типично греческим элементом погребального обряда является помещение в могилы сосудов для масел – лекифов, характерных для погребений молодых мужчин – палестритов. В то же время, в погребениях представлено оружие местных форм. Над одним из погребений, инвентарь которого содержал комплект расписных краснофигурных сосудов – скифос и ойнохою – было установлено известняковое надгробие с надписью, содержащей имя умершего и указание на место его происхождения.
Некрополь эллинистического и римского времени располагался к востоку и юго-востоку от городища Горгиппии, и тянулся в указанных направлениях, судя по всему, вдоль дорог, выходящих из города. Ближе к крепостным стенам Горгиппии участки более насыщены погребениями, окраинные курганы некрополя смыкались с курганными могильниками поселений хоры.
Погребения эллинистического времени на участках, прилегающих к городищу, немногочисленны. В большинстве случаев они совершены в грунтовых ямах, отмечено несколько могил, перекрытых двускатной «крышей» из кровельной черепицы. В качестве погребального инвентаря в могилах находились керамические сосуды, терракотовые статуэтки, бусы, монеты. Особо следует отметить погребение воина, сопровождавшееся однолезвийным кавалерийским мечом – махайрой. Исследовано несколько позднеэллинистических захоронений по обряду кремации в керамических сосудах-урнах, на которых процарапаны или написаны краской имена погребенных. В курганах на окраинах горгиппийского некрополя открыты сложенные из тесанного камня склепы с архитектурным оформлением портала (Тарасовские курганы) и росписью на стенах (склеп «Героон»).
Наиболее полно изучен некрополь Горгиппии римского времени. Основная масса погребений совершалась в прямоугольных могильных ямах, вырубленных в материковой скале. Во II – первой половине III вв. н.э. на некрополе получают распространение глубокие прямоугольные могильные ямы с широкими заплечиками, на которые опирались перекрывавшие их бревна или каменные плиты. Инвентарь погребений первых веков н.э. богат и разнообразен. Прежде всего, это керамическая посуда разных форм: в погребениях найдены красноглиняные, краснолаковые и сероглиняные лощенные кувшины, миски, кубки. В большинстве погребений встречена стеклянная посуда: кувшины, стаканы, бальзамарии, служившие для хранения ароматических масел.
В женских погребениях найдены стеклянные и каменные бусы, бронзовые пинцеты, булавки, зеркала, в мужских – металлические предметы поясной гарнитуры: пряжки, наконечники ремней. И в мужских, и в женских погребениях встречены металлические заколки-фибулы. На богатство захоронений указывают находки ювелирных изделий: золотых, серебряных и железных перстней с резными вставками-геммами из полудрагоценных камней, золотых серег, подвесок-амулетов, фибул, бус. Особенностью мужских погребений является помещение в могилу длинных всаднических мечей. Рядом с некоторыми мужскими погребениями находились захоронения снаряженных коней.
Встречены в погребениях предметы, специально предназначавшиеся для обряда погребения. Это изготовленные из тонкой золотой фольги погребальные венки, накладки на глаза и губы, круглые пластинки-индикации с оттиснутым изображением монет. Индикации, как и монеты, которые они имитировали, помещались в могилы в качестве платы Харону, перевозившему на пароме души умерших в царство мертвых. Монеты и индикации обычно находились во рту погребенных. С погребальным обрядом связано и помещение в могилу набора из двух сероглиняных светильников – открытого (плошки) и поставленного в него закрытого.
С некрополем связаны находки каменных надгробий. Большинство надгробных памятников изготовлено из известняка. Среди них выделяются плиты с фронтоном вверху и антропоморфные стелы, представляющие собой фронтальный силуэт человеческой фигуры. Типично горгиппийскими надгробиями являются известняковые рельефы с поясным или поколенным изображением умершего, а также скульптурные статуи-полуфигуры. Выделяется группа мраморных надгробий I‒II вв. н.э. с рельефами, изображающими умерших, и надписями, сообщающими их имена.
